Можноли сделать следующее:
Мы запускаем свое java-приложение; оно работает, работает..., а в оределенный момент ALT-Tab'ается например, в Totalcomander и вызывает там F5(копирование).
Смысл в том чтобы вызвать в window"ом запущенном приложении "функциональную клавишу" с помощью нашей программы.