Несколько лет назад пользовался какой-то тулзой, которая позволяла подключаться к разным БД используя JDBC драйвера и отображать таблицы и связи в виде диаграм. Возможно редагирование структуры базы из диаграмы. Кто нибудь пользуется чем-то подобным?

Я пользуюсь PowerDesigner. А так вообще во многих CASE средствах есть возможность проектирования структуры базы, в том же Together 2006 например.