Хочется, чтобы автозаполнение кода ставило закрывающие скобки не вот так:

    public void start() {
        // TODO Auto-generated method stub
        super.start();
    }

а вот так:

    public void start() {
        // TODO Auto-generated method stub
        super.start();
        }

т.е. закрывающую скобку (неважно метода, цикла, условия) ставило на "1 таб" вперед

вроде бы так Preferences/Java/Code Style/Formatter

но не стоит.... а то икаться будет=)

Вообще говоря не логично, так как закрывающаяся скобка должна быть либо под скобкой, либо под началом предшествующего ей выражения. Так принято.