При помощи библиотеки prototipe методом update обновляю часть страницы. Эта обновляемая страница содержит в свою очередь объект (картинку) который также использует библиотеку prototipe. Если точнее то ситуация следующая - обновляется та часть страницы, на которой возможен просмотр слайдов. Так вот, при открытии страницы слайдшоу работает, при обновлении части страницы нет. Что делать, как быть.

А как скрипт при начале загрузки работает? Видимо вы вызываете какую-то функцию (например, онлоад для бади), которая настраивает вам слайды. Вот и после апдейта вызывайте эту функцию и все будет работать.

Действительно, не хило было бы код показать для начала.