Как сделать запрос: сколько свободных мест было в каждом отделении?

Как понять "было"?
И где описание вашей структуры?

ну к примеру вместимость палаты 3 человека, а в ней лежат 2, значит свободных мест было 1
Описание сделаю и выложу попозже

Это "есть" а не "было", если не вдаваться в подробности сути термина "сейчас".

Ок, вот только описание валожу

Структура посмотрел. Но она мало, что дала.

Алгоритм слудующий. Для каждого отделения посчитать вместимость. Для каждого отделения посчитать сколько занято. Для каждого отделения посчитать разницу. Итого максимум три запроса, два первых подчиненные. Можно и одним попробовать, но это уже зависит от стурктуры.