Есть таблица под названием "Заказы", где вбиваеться заказ и в нём же расчитываеться себестоимость товара, и есть таблица "учёт материалов". Вопрос-посредством чего лучше их связать, нужно чтобы введённое количество материалов в первой таблице изымались из второй?

Единсвтенный вариант это программная обработка.

На сколько я помню таблицы не предназначены для расчетов и ввода данных. Для этого есть формы. связь между таблицами должна быть в схеме таблицы. потому как еще должна быть таблица материалы, которая бы использовалась как справочник. Создав форму для первой таблицы можно сделать запрос на изменение, который бы при запуске изменял значение данных во второй таблице.