Будет ли индексироваться такой сайт, если он построен по такому плану:
если есть куки показывать одно содержимое, если нет - другое.
Просто я себе замутил ]]>на сайте]]> эту штуку, а теперь боюсь, что у меня не будут индексироваться страницы.

Если ты скормишь поисковому пауку куки, он их адекватно воспримет и будет так же отдавать как и любой браузер.

разве индексаторы способны принимать куки ? они их игнорируют, по крайней мере большинство индексаторов самых популярных ПС

Vadik® , бот проиндексирует контент, который видят пользователи без куков. Если от наличия куков зависит отображение чего-то нового (появляются новые тексты, а не просто меняется порядок отображения доступного без куков текста), и нужно, чтобы ПС проиндексировали и этот контент тоже, то это уже что-то очень мутное

Честно говоря ничего конкретного о поведении ботов не скажу

Вообще для 100% индексирования сайта лучше создавать Sitemap в специальном формате и не использовать черных методов, таких как скрытое содержимое, дорвеи и прочие бяки... Яваскрипт и куки только усложняют индексацию. Приведу выдержку с сайта гугла:

если текст выводится через document.writre, то проиндексирован он, конечно, не будет, но js и куки никак не усложняют индексацию... Sitemap поможет проиндексировать сайт, если есть страницы, на которые нельзя попасть по цепочке правильных ссылок типа "<a href..." с главной страницы, еще сайтмэп поможет управлять переиндексацией, но ТС-у в его случае он врядли каким-нибудь боком поможет, если содержимое страниц меняется от наличия куков