Подскажите, как заставить программу выполнять команды windows? или скажите где об этом можно подробно почитать. и что это за API функции?

Поясните для нас, дремучих, чего же Вы хотите...

Ну это просто

system(  "здесь_команда_" );

Еще раз поясните, но уже "на пальцах".

Если нада чтобы твоя прога получала команды из консоли windows и что-то делала, то это просто...

- что есть это выражение?

Вот значит так можешь для выполнения разных команд использовать консольные приложения или же оконные
для того чтобы выполнить консольные команды командной строки надо знать эти команды для чего они
служат то есть знать для чего используются команды командной строки
в исходном коде надо включить заголовочный файл
#include <stdlib.h>
ну потом включай разные команды типа: chcp 1251, prompt $$, и прочее надо там эксперементировать
какие команды будут работать и какие нет например коанды dir и cd нет смысла запускать таким образом
а вот копирование, удаление, перемещение, переименование и создание директорий можно запускать
делается это так
system("chcp 1251");
system("ren shit1 shit2.txt");
и тому подобное
Если пишешь оконные программы с использованием WIN API то смотри справочники по функциям виндовс
там их тоже много тип WinExec() которая используется с параметрами для запуска другого экзешника
CreateDirectory() которая в качестве параметра берет название директории и еще там NULL
RemoveDirectory() удалает папки это такие простецкие фунции с изучения которого ты можешь начать
ну че там все понятно ?