Такой вопрос.
Как лучше поступить на огромных сайтах с множеством подкаталогов с ссылками типа index.php?page=somepage?

Я сделал так:

if(!isset($page))
{
include "3"; 
}
elseif ($page == "web")
{
include "1/2/3/web";
}
elseif ($page == "win")
{
include "1/2/3/4/win";
}

................и так далее

Но если ссылкок у меня несколько сотен получится огромный список. Как упростить этот процесс?

я бы посоветовал сначала хорошо продумать структуру этих самых каталогов и запихать всё это в базу. каждой страничке присвоить как минимум два id - это id и parent_id. А потом рекурсивно функцией пробегаться по дереву до нужной страницы и формировать таким образом к ней путь.
К примеру:
есть путь к странице для вставки: /dir_1/dir_2/include_page.php
include_page.php имеет в базе id=30 и parent_id=5,
а dir_2 имеет id=5, таким образом ты получаешь путь /dir_2/include_page.php,
а так как parent_id для dir_2 есть соответственно id для dir_1, то вот ты и получил полный путь к странице
Т.е. ты формируешь путь от конца к началу
И теперь можно обратиться к странице include_page.php введя index.php?id=30

Надеюсь я еще больше тебя не запутал?

То же самое, что описал выше тов kirkro мне пришлось воплотить пару месяцев назад. Можете посмотреть http:\\ExxY.cjb.net